Los antecedentes históricos de la Sindicatura de Cuentas de Cataluña se remontan a la Edad Media. El Tribunal de Cuentas del rey de la Corona de Aragón del siglo XIII es el primer órgano fiscalizador del que se tiene noticia a nivel general de la Corona. Las finanzas y el patrimonio del rey de la Corona de Aragón fueron controlados por un oficial regio, El Maestro Racional (magister racionalis). Esta figura fue institucionalizada en el año 1283 por Pedro el Grande, si bien el oficio del maestro racional se consolidó con la reforma de la Administración financiera iniciada por Jaime II, auspiciada por la burguesía catalana, y con el nombramiento de uno de los principales acreedores del monarca, el ciudadano de Barcelona Arnau ça Bastida, como Maestro Racional de la Corte en 1293.
Las posteriores divisiones del oficio provocaron la coexistencia del Maestro Racional de la Corte (con sede y archivo en Barcelona) con la de los maestros racionales de la Corte en los reinos de Cerdeña, Mallorca, Valencia y Aragón, todo ellos titulares de un oficio independiente por el alcance territorial de sus competencias, pero representado emblemáticamente por un sello del oficio común de apariencia muy similar.
Esto se puede ver todavía hoy en día en los logotipos que utilizan la Sindicatura de Cuentas de Cataluña, de la Comunidad Valenciana y de las Islas Baleares, ya que las tres comparten el mismo sello en forma de almendra con la inscripción “magister racionalis”:
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A mediados del siglo XIV, en el año 1359, con la institución política de la Diputación del General –embrión de la Generalidad–, se incorporó la figura del Oidor de Cuentas con tareas de fiscalización y supervisión de las finanzas públicas. La Corte de Barcelona abolió en 1379 los oidores de cuentas, que fueron restablecidos en el año 1413, cuando quedaron configurados definitivamente como el órgano fiscalizador de la gestión económica y administrativa de la Generalidad.
Las dos instituciones quedaron abolidas en 1716 por el Decreto de Nueva Planta. Después de una existencia interrumpida, no fue hasta el establecimiento de la democracia al final de la dictadura franquista cuando la institución fiscalizadora externa de las cuentas públicas quedó definitivamente constituida en el Estatuto de autonomía de Cataluña de 1979, bajo la denominación de Sindicatura de Cuentas de Cataluña, y posteriormente recogida en los artículos 80 y 81 del Estatuto de autonomía de Cataluña de 2006.