D'ençà de la seva creació, la Sindicatura de Comptes ha tingut diferents seus ja que ha tingut la voluntat d'adequar l'espai al progressiu creixement de la institució.
Durant els primers anys d'existència de la institució, i fins al 1998, la Sindicatura va tenir la seu al número 20 de la plaça de Catalunya de Barcelona, on ocupava dues plantes en un edifici d'oficines que llavors albergava la seu del banc francès Société Générale.
El 1998 la Sindicatura es va traslladar al carrer Jaume I, 2-4, la històrica seu de la Taula de Canvi posteriorment rehabilitada per l'arquitecte August Font i Carreras per albergar la Caja de Ahorros y Monte de Piedad de Barcelona, l'anomenada caixa dels marquesos, avui Caixa d'Estalvis i Pensions de Barcelona, que encara ocupa una part de la planta baixa de l'immoble. La Sindicatura ocupava les tres plantes de l'edifici, adquirit per la Generalitat, que va destinar una part de la tercera planta a allotjar serveis del Departament de Governació i administracions públiques.
A principis de 2006, la Sindicatura va canviar d'instal·lacions davant la darrera ampliació de plantilla aprovada pel Parlament de Catalunya. Des del 30 de gener de 2006, la Sindicatura té la seva seu a l'avinguda del Litoral, 12-14 de Barcelona, en l'anomenat Blue Building de la Vila Olímpica, on ocupa dues plantes amb una superfície total de 4.333 m2.