La Sindicatura s'organitza en set departaments sectorials, cada un dels quals està dirigit per un síndic i format per un equip d'auditors, ajudants d'auditor i personal de suport, supervisats i coordinats per un auditor supervisor.
Els set departaments tenen encomanada la fiscalització de les diferents àrees temàtiques objecte de control amb la distribució següent:
Departament sectorial A (Generalitat)
Síndica titular: Sra. Emma Balseiro Carreiras
- Departaments de caire administratiu
Departament sectorial B (Generalitat)
Síndic titular: Sr. Enric Genescà i Garrigosa
- Departaments del sector productiu
Departament sectorial C (Generalitat)
Síndic titular: Sr. Andreu Morillas Antolín
- Departaments dels sectors sanitari i social
Departament sectorial D (Generalitat)
Síndic titular: Sr. Jordi Pons i Novell
- Departaments dels sectors de formació i cultura
- Universitats públiques de Catalunya
Departament sectorial E (Local 1)
Síndic titular: H. Sr. Joan-Ignasi Puigdollers i Noblom
- Compte general de corporacions locals
- Ajuntaments
- Entitats municipals descentralitzades
Departament sectorial F (Local 2)
Síndica titular: Sra. Maria Àngels Servat i Pàmies
- Diputacions
- Consells comarcals
- Entitats metropolitanes
- Mancomunitats
- Fundacions d'àmbit local
- Consorcis d'àmbit local
Departament sectorial G (Síndic Major)
Síndic titular: Sr. Jaume Amat i Reyero
- Compte general de la Generalitat de Catalunya
- Entitats estatutàries i òrgans superiors de consulta i assessorament del Govern i del Parlament
- Comptabilitat electoral
- Partits polítics i entitats vinculades
- Persones públiques corporatives
- Fiscalitzacions interdepartamentals
- Fiscalitzacions especials