La Sindicatura s'organitza en set departaments sectorials, cada un dels quals està dirigit per un síndic i format per un equip d'auditors, ajudants d'auditor i personal de suport, supervisats i coordinats per un auditor supervisor.
Els set departaments tenen encomanada la fiscalització de les diferents àrees temàtiques objecte de control amb la distribució següent:
Departament sectorial A
Síndic titular: Sr. Jaume Amat i Reyero
Matèries:
- Departaments de caire administratiu de la Generalitat
- Compte de l'Administració general i compte de les entitats autònomes de caràcter administratiu
Departament sectorial B
Síndic titular: Sr. Enric Genescà i Garrigosa
Matèries:
- Departaments i organismes de sector productiu de la Generalitat
- Compte de les entitats autònomes de caràcter comercial, industrial, financer o anàleg, i comptes de les empreses públiques
Departament sectorial C
Síndic titular: Sr. Agustí Colom i Cabau
Matèries:
- Departaments de sector sanitari i social de la Generalitat
- Compte del Servei Català de la Salut i de les entitats gestores de la Seguretat Social
Departament sectorial D
Síndic titular: Sr. Jordi Pons i Novell
Matèries:
- Departaments i organismes de sector de formació i cultura de la Generalitat
- Comptes de la Corporació Catalana de Mitjans Audiovisuals i les seves filials
Departament sectorial E
Síndic titular provisional: Sr. Joan Colom i Naval
Matèries:
- Sector local 1: Compte general de les corporacions locals
- Ajuntaments
- Entitats municipals descentralitzades
- Compte general de la Generalitat de Catalunya: Comptes generals de les diputacions provincials
Departament sectorial F
Síndic titular: Sr. Ernest Sena i Calabuig
Matèries:
- Sector local 2
- Diputacions
- Consells comarcals
- Mancomunitats
Departament sectorial G
Síndic titular: Sr. Joan Colom i Naval
Matèries:
- Eleccions
- Partits polítics
- Coordinació dels informes interdepartamentals
- Administració corporativa
- Compte general de la Generalitat de Catalunya: Introducció i estats consolidats