Les principals funcions del secretari o secretària general són:
Assessorar i assistir els òrgans de la Sindicatura.
Complir, en general, totes les funcions que condueixin a l'exercici adequat de les competències governatives del Ple, de la Comissió de Govern i del síndic major en tot el que fa referència al règim intern de la Sindicatura.
Assistir, amb veu però sense vot, a les sessions del Ple i de la Comissió de Govern.
Redactar i distribuir l'ordre del dia del Ple d'acord amb les instruccions del síndic major.
Redactar les actes de les sessions del Ple i de la Comissió de Govern i subscriure-les amb el vistiplau del president una vegada han estat aprovades.
Expedir les certificacions relatives a actes, acords i documents confiats a la seva custòdia.
Custodiar el Registre General i la documentació de la Sindicatura.
Exercir les altres funcions que, en matèria de personal i d'administració, li siguin delegades per qualsevol òrgan de la Sindicatura de Comptes.
El secretari general de la Sindicatura de Comptes és Manel Rodríguez Tió.