El síndic major exerceix la presidència i la màxima representació interna i externa de la institució. És escolllit pel Ple de la Sindicatura d'entre els seus membres i nomenat pel president de la Generalitat per un període de tres anys. La llei atorga al síndic major unes atribucions específiques, entre les quals hi ha les següents:
El síndic major de la Sindicatura de Comptes és Joan Colom i Naval.