La Sindicatura pot actuar per delegació del Tribunal de Comptes, tant en matèria de fiscalització com en la realització d'actuacions prèvies a l'exigència de responsabilitats comptables, instruint els procediments corresponents. Aquests procediments tenen com a finalitat esbrinar l'existència d'incompliments en què hagin incorregut els qui tenen a càrrec seu el maneig de cabals o efectes públics i que, per culpa o negligència greu i amb actuacions contràries a la normativa, provoquin un perjudici econòmic quantificable i cert a les administracions públiques. Un cop finalitzats aquests procediments, la Sindicatura els trasllada al Tribunal de Comptes, que és l'òrgan competent per enjudiciar la responsabilitat comptable.
D'acord amb l'article 80.3 de l'Estatut d'Autonomia de Catalunya, les relacions de cooperació entre la Sindicatura de Comptes i el Tribunal de Comptes hauran de ser regulades per mitjà d'un conveni, que ha de recollir els mecanismes de participació de la Sindicatura en els procediments jurisdiccionals sobre responsabilitat comptable.