La Sindicatura de Comptes pot actuar d'ofici o a instància del Parlament de Catalunya. També pot fer fiscalitzacions concretes per tal de verificar una presumpta irregularitat de què s'hagi tingut notícia a través de qualsevol mitjà, sempre que el Ple de la Sindicatura així ho acordi a partir del contingut dels fets denunciats i en el marc de les competències que té encomanades per llei.
La Sindicatura ha de presentar cada any al Parlament, abans de l'1 de desembre, un programa anual d'activitats, que ha de contenir la previsió dels treballs de fiscalització per a l'exercici següent. El programa pot ser modificat en el transcurs de l'any a petició del Parlament o bé quan el Ple de la Sindicatura així ho acordi.